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新課程當中，應數綜合人文科、科學與科技科較為矚目，兩個課程同是體現教育改革中「跨學科學習」理念的全新產物。
雖然一般對人文學科的理解，是指語文、歷史、文學、哲學等各種和文化有關的學科，然而新推出的綜合人文科並沒有打算統整這些傳統文科，將它們合縱連橫、取而代之。
新學科是中四至中五程度，分別從個人、社會、國家、世界四個層次探討人文世界，以認識、理解和研究人類境況為主要目標。「綜合」的意思，並非將個別學科教授的課題或知識綜合，而是跨越學科界限，宏觀地觀察和研究多元化的人文議題。
學科由課程發展處個人、社會及人文教育組設計，學生需修讀五個單元：包括四個必修的核心單元（建議各授課三十節），和一個選修單元（建議授課四十節）。
課程發展主任李志雄表示，核心單元是學生需要認識議題，故此定為必修項目。選修項目方面，李志雄同意目前的選擇不夠廣泛，「我們預計首兩年開辦綜合人文科的學校不多，在衡量過經濟效益及人手後，為了集中編製教學資源，不能同時開設太多的選修單元。」李志雄強調，日後更多學校開辦人文科時，將逐漸增加其他如文學、藝術欣賞等單元。
綜合人文科課程設計時以理科同學為主要對象，希望訓練他們初步認識社會科學範疇常用的研究方法和工具，如問卷調查等。「我們期望理科同學能透過課程，明白科學以外也有其他系統化的層次。」課程內容雖然沒重複傳統文科如歷史、地理等的課題，但李志雄相信新課程一樣能帶給學生類似的訓練──著重思考的訓練。
學科新近設立，2003年已有9間中學落實開辦，另外30間學校有意在2004年度開辦。新科目開始推行，但出版業界未及推出適合的課本或參考資料，老師選取教材時豈非額外辛苦？
「雖然課程看似無所不包，但我們對香港的老師有信心，他們都是過去教育制度的成功者。」李志雄認為，只要老師本人有廣泛的閱讀興趣，對國情有一定了解，兼具國際視野、關心世界，足可應付綜合人文科的內容。缺乏追貼世情的課本可供依賴，反而會增加教學的彈性，「希望老師帶領學生探討的題目都是新的。」
綜合人文科是以議題為本的探究式學習，老師可靈活選取生活上的事件、見聞和念頭，加入教學內，並鼓勵同學多作小組討論或辯論，以強化思考和邏輯訓練。課程發展處製作及整理了一系列的建議教學材料，包括剪報、各種數據、圖表和雜誌等形式，供學校選用。
綜合人文科是第一個在會考引入校本評核的文科，教師可透過課堂活動、專題研習和家課等一般校內評估學習進度的手法去了解學生達致的水平。課程發展處更建議學校引進自評和同儕互評的模式，促進自我和朋輩間的互相反思。在試用傳統的測驗考試作評估時，應包含如資料題、開放式問題、創意寫作等多樣化的題目，可類似預科程度的通識教育科，並留意避免偏重對記憶力和資料掌握的要求。
人文科原意是設計予理科生修讀，以擴闊他們的人文視野。因課程與預科的通識教育科一脈相承，內容和目標也適合訓練文科生的思考和邏輯，課程發展議會與考試及評核局都表示不反對文科生修讀。
科學與科技是今年另一個新推出的課程，以增強文科同學的科學基礎知識而設計，包括一個必修單元、兩個選修單元和獨立專題研究，學校可按實際情況，如時間表設計、教學設施及資源分配、教師專長和學生能力等，自行調度教節。
科學與科技的本質及發展，是課程的必修項目，也是整個課程的引子。由「甚麼是科學？甚麼是科技？甚麼是科學探究？」問起，老師可逐步引導同學思考科學／科技與生活的關係和重要性，並掌握進行科學探究的技巧。
獨立專題研究是日常習作，題目可在考試及評核局擬定的清單中選取，又或自行以書面申請研究其他題目：可在任何一個學習單元中挑選，甚至將幾個單元所討論的議題組合成新的題目。研習可以不同的模式進行，如進行深入的個案研究，或就題目構思和實踐可行的解決方案。
有別於傳統理科對計算的著重，新學科偏重概念理解和掌握，並藉以提升學生的思考水平和學習技巧。害怕做實驗的同學，甚至可以選擇寫作模式作專題研究的功課──寫一篇科幻小說，另加一份報告解釋小說內提及的科學／科技元素。
在進行獨立研究時候，教師應指導學生如何草擬計劃書，審核研習的模式和方法，並不時給予意見。整個專題研究的精髓在於提供「學會如何學習」的經驗。
今年開辦科學與科技科的學校共有7間，打算在2004年開辦的約有20間。課程發展處預期老師將遇上的最大困難，應是未有這方面的教學經驗，故在早前暑假期間已舉辦了培訓課程。
對於課程尚新，老師未有教科書可使用，課程發展處科學教育組表示，課程的教學應著重活動設計，教師享有高度的靈活性；而課程發展處亦會為學校預備教學資源和提供支援。
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